Sejarah keberadaan MPR sebagai pelaksana sepenuhnya kedaulatan rakyat baru dimulai sejak Dekrit Presiden Soekarno 5 Juli 1959.' Sebelum dekrit Presiden 5 Juli 1959, MPR belum pemah terbentuk karena kesibukan pemerintah dalam mempertahankan kemerdekaan (1945-1949) atau karena UUD'45 tidak digunakan lagi sebagai konstitusi negara
Dalam periode demokrasi terpimpin, seluruh anggota MPR dipilih dan diangkat oleh Presiden. Pada masa ini, tidak ada pemilihan umum yang memang tidak disebutkan dalam UUD'45. Presiden dalam hal ini mengambil seluruh peran masyarakat dalam memilih wakil-wakil rakyat yang akan duduk di Majelis perwakilan. Pemberian peran rakyat dalam memilih wakil-wakilnya melalui Pemilu baru diberikan pada masa demokrasi Pancasila dibawah pimpinan Presiden Soeharto. Dari total 1000 anggota MPR, 400 anggota MPR dipilih rakyat dan 600 dipilih langsung oleh Presiden atau sebagai bagian penugasan dari eksekutif (Utusan Daerah) atau penugasan dari ABRI. Dalam Era Pasca Orde Baru, jumlah wakil rakyat yang dipilih melalui pemilihan umum ditingkatkan dari 400 menjadi 462 anggota DPR/MPR. Sementara itu, keberadaan TNI/POLRI di DPR masih dipertahankan walaupun jumlahnya dikurangi dari 75 menjadi 38 orang. Pemahaman mengenai Utusan Daerah dan Utusan Golongan masih juga mengalami perubahan. Pada era ini, Utusan Daerah dipilih oleh DPRD, tidak lagi melalui Muspida, dan Utusan Golongan dipilih oleh KPU (lembaga penyelenggara pemilihan umum dan bersifat ad hoc), tidak lagi ditunjuk dan dipilih langsung oleh Presiden.
Tahun 1999 melalui Sidang Umum MPR dilakukan amandemen pertama UUD'45 hingga amandemen keempat melalui Sidang Umum MPR tahun 2002. Amandemen kesatu hingga keempat tersebut membawa perubahan terhadap pelaksanaan kedaulatan rakyat di Indonesia.
MPR berdasarkan UUD'45 yang telah diamandemen masih memegang peranan yang sangat penting dalam melaksanakan kedaulatan rakyat. Walaupun fungsinya sebagai pelaksana sepenuhnya kedaulatan rakyat telah digantikan oleh UUD (Pasal 1 ay at 2 UUD'45 yang telah diamandemen). Namun sebagai satu-satunya lembaga yang berwenang mengubah dan menetapkan UUD (pasal 3 ayat 1 UU'45 yang diamandemen) secara tidak langsung, MPR masih berperan sebagai pelaksana kedaulatan rakyat. Oleh karena itu, jaminan untuk dapat mendudukan wakil-wakil rakyat yang benar-benar dapat menyampaikan aspirasi rakyat sangatlah diperlukan.
MPR terdiri dari anggota DPR dan DPD yang dipilih melalui Pemilihan Umum (pasal 2 ayat 1 UUD'45 yang diamandemen). Artinya tidak ada lagi anggota perwakilan rakyat yang tidak berasal dari proses pemilihan umum seperti selama ini terjadi. Begitu pula dengan Presiden yang selama ini dipilih melalui MPR juga secara langsung dipilih oleh rakyat. Hal ini menunjukkan adanya kemajuan peran rakyat yang diberikan UUD'45 hasil amandemen dalam memilih wakil-wakilnya untuk duduk di pemerintahan.
